时间:2024-09-21 06:01:30
生信分析常用数据库
生信分析常用的数据库包括:
1. StarBase:可以从多维测序数据中识别出大量的miRNA-ncRNA、miRNA-mRNA、RBP-RNA和RNA-RNA相互作用,并对RNA-RNA和RNA-RNA相互作用进行泛癌症分析。
2. R语言:通过挖掘和统计分析获得可用于发表SCI的研究数据。
3. GEO数据库:储存高通量功能基因组学数据,包括基因表达数据、基因组拷贝数变异数据、基因组-蛋白相互作用数据以及基因组甲基化数据等。
4. KEGG数据库:日本京都Kanehisa Laboratories根据文献证据手工整理的一个庞大数据库,包括信号通路、基因、疾病、药物等等。
5. HMP数据库:整合了人体各部位的微生物组数据,为了解微生物在人体健康和疾病中的作用提供了强大的支持。
6. CRISPR数据库:如CRISPR-Cas9资源中心、sgRNAcas9等,致力于收集、整理和分享全球范围内的CRISPR实验设计、效果评估等信息。
7. 综合性生信平台:如生物云平台(BioCloud)、Galaxy等平台,通过集成工具、数据和分析流程,为研究人员提供了一站式的生信分析环境。
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